En 1066, l'ancien royaume de Cornouaille devenu comté fut réuni par un mariage au duché de Bretagne. Au XIIIe siècle, la ville s'entoura de remparts. Cette période de croissance, qui vit le début de la construction de la cathédrale Saint-Corentin, fut interrompue par la guerre de Succession de Bretagne entre Charles de Blois et Jean de Montfort. La ville fut pillée par les troupes de Charles de Blois en 1344.

Au cours des guerres de Religion, Quimper prit parti pour la Ligue. La ville, partagée entre les fidèles du gouverneur de Bretagne, le duc de Mercœur, et ceux du roi de France Henri IV, dut se rendre en 1594 au représentant de la Couronne, le maréchal d'Aumont, qui, placé au sommet du mont Frugy, bombardait la ville.

Avec l'essor de la Contre-Réforme catholique, au XVIIe siècle, plusieurs couvents furent édifiés, dont le couvent des Ursulines et le couvent des Cordelières.

Au cours de la Révolution, la ville devient le chef-lieu du département du Finistère; débaptisée, elle prend pour nom Montagne-sur-Odet. Tandis que la cathédrale est dévastée, un plateau est aménagé au pied du mont Frugy pour célébrer le culte de la déesse Raison.

Au XIXe siècle, Quimper connut une intense période de développement commercial et industriel grâce à la mise en service du chemin de fer (1863), la création de la Chambre de commerce, favorisant l'essor des faïenceries, des usines de conserves alimentaires et des crêpes dentelles.

Sous l'occupation allemande, pendant la Seconde Guerre mondiale, la ville participa activement à la Résistance. C'est le 8 août 1944 que la ville fut libérée, après que les Allemands eurent incendié la préfecture.

Fondé à la suite du leg consenti à sa ville natale par le comte Jean-Marie de Silguy, le musée des Beaux-Arts (1864-1872) conserve d'intéressantes collections de peintures et de dessins : écoles du Nord (Rubens, Van Haarlem), école italienne (Niccolo Dell Abbate, Guido Reni, Solimena, …). L'école française est particulièrement riche pour les XVIIIe et XIXe siècles (Fragonard, Hubert Robert, Chassériau, Corot, Boudin, …). Un hommage particulier est rendu au poète et peintre quimpérois Max Jacob (1876-1944).